Volume 399 (2006), pp. 177–190

In Table 2, the Kd (DNA) values for the enzyme M.EcoRI were incorrect. The correct table appears here.

Table 2
Substrate (DNA and AdoMet)-binding affinities for DNA MTases

Kd values for DNA reported were determined in the presence of cofactor; (−) indicates the binding constants determined in the absence of cofactor (AdoHcy or sinefungin); (+) with cofactor. HM, hemimethyltated; NSP, non-specific DNA; SP, specific DNA; UM, unmethylated.

Enzyme Kd(DNA) (M) Kd(AdoMet) (M) DNA substrate Reference 
M.EcoRV 46×10−9  30 UM [60] 
 11×10−9  30 HM  
 143×10−9  30 DM  
M.EcoRI  30×10−6 14 bp [26] 
  10×10−6  [38] 
 0.43×10−9  14 bp [39,61] 
 0.29×10−9  32 bp  
 0.10×10−9  101 bp  
 0.07×10−9  378 bp  
 0.02×10−9  775 bp  
 4.4×10−9  14 UH [62] 
 4.1×10−9  14 HM  
 (1–4)×10−6  pBR322 [26] 
EcoDam (10–20)×10−9  14 bp SP [41] 
 (10–20)×10−9  14 bp NSP  
 (60–70)×10−9 (+) 6.31×10−6 14 bp SP  
 (300–400)×10−9 (−)  14 bp SP [56] 
 1.6×10−6  14 bp NSP  
 (3–4)×10−6 (−)  14 bp NSP  
 119×10−9  20 bp [34] 
 3.4×10−6  20 bp [63] 
T4 Dam 16.5×10−9  20 bp UM [43] 
 8.5×10−9  20 bp HM  
 18×10−9 (+)  24 bp [44] 
 54×10−9 (−)    
  7.6×10−6 T4 DNA [45] 
 8.57×10−9  14 bp SP [64] 
 3.3×10−9  14 bp NSP  
M.EcoKI 1.6×10−9 3.6×10−6 45 bp UM [58] 
(M2S19.1×10−9 (−) 2.21×10−6   
 2.36×10−9 (−)  21 bp [65] 
 0.6×10−9    
M1S1 13.97×10−9    
 14.67×10−9 (−)    
M.EcoP15I 1.0×10−6  31 bp [47] 
M.TaqI  2×10−6  [66] 
M.RsrI  6.1×10−6 14 HM [54] 
 17 (+)  UM  
 311 (−)  UM  
 6 (+)  HM  
 17 (−)  HM  
 >800 (±)  NSP  
M.KpnI  4.1×10−6  [35] 
M.BamHI 371×10−9 (−) 1.22×10−9  [23] 
 200×10−9 (+)    
Enzyme Kd(DNA) (M) Kd(AdoMet) (M) DNA substrate Reference 
M.EcoRV 46×10−9  30 UM [60] 
 11×10−9  30 HM  
 143×10−9  30 DM  
M.EcoRI  30×10−6 14 bp [26] 
  10×10−6  [38] 
 0.43×10−9  14 bp [39,61] 
 0.29×10−9  32 bp  
 0.10×10−9  101 bp  
 0.07×10−9  378 bp  
 0.02×10−9  775 bp  
 4.4×10−9  14 UH [62] 
 4.1×10−9  14 HM  
 (1–4)×10−6  pBR322 [26] 
EcoDam (10–20)×10−9  14 bp SP [41] 
 (10–20)×10−9  14 bp NSP  
 (60–70)×10−9 (+) 6.31×10−6 14 bp SP  
 (300–400)×10−9 (−)  14 bp SP [56] 
 1.6×10−6  14 bp NSP  
 (3–4)×10−6 (−)  14 bp NSP  
 119×10−9  20 bp [34] 
 3.4×10−6  20 bp [63] 
T4 Dam 16.5×10−9  20 bp UM [43] 
 8.5×10−9  20 bp HM  
 18×10−9 (+)  24 bp [44] 
 54×10−9 (−)    
  7.6×10−6 T4 DNA [45] 
 8.57×10−9  14 bp SP [64] 
 3.3×10−9  14 bp NSP  
M.EcoKI 1.6×10−9 3.6×10−6 45 bp UM [58] 
(M2S19.1×10−9 (−) 2.21×10−6   
 2.36×10−9 (−)  21 bp [65] 
 0.6×10−9    
M1S1 13.97×10−9    
 14.67×10−9 (−)    
M.EcoP15I 1.0×10−6  31 bp [47] 
M.TaqI  2×10−6  [66] 
M.RsrI  6.1×10−6 14 HM [54] 
 17 (+)  UM  
 311 (−)  UM  
 6 (+)  HM  
 17 (−)  HM  
 >800 (±)  NSP  
M.KpnI  4.1×10−6  [35] 
M.BamHI 371×10−9 (−) 1.22×10−9  [23] 
 200×10−9 (+)